【摘 要】
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目的:为了在乌拉尔甘草中开发功能性EST-SSR分子标记,分析乌拉尔甘草EST-SSRs特征。方法:从NCBI公共数据库中下载乌拉尔甘草EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下
【机 构】
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中央民族大学生命与环境科学学院,中国中医科学院中药研究所,中国农业科学院作物科学研究所,
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目的:为了在乌拉尔甘草中开发功能性EST-SSR分子标记,分析乌拉尔甘草EST-SSRs特征。方法:从NCBI公共数据库中下载乌拉尔甘草EST序列,运用DNAstar软件中的Seqman Pro程序,对下载序列进行拼接和聚类,去除冗余序列,利用SSRIT软件筛选重复序列长度≥20 bp的二、三、四、五核苷酸4种类型的SSR,统计分析乌拉尔甘草EST-SSR的特征。结果:从NCBI公共数据库中下载50666条乌拉尔甘草EST序列,剔除冗余序列,得到全长为9.28×106bp的无冗余EST序列11100条。在这些序列中搜索出752条EST序列含有963个SSR,占无冗余EST序列的8.68%,平均每9.64 kb EST出现1个SSR位点。二核苷酸重复基元SSR出现频率最高(43.41%),其次是三核苷酸(41.95%),AG/TC、GA/CT和CTT/GAA是二、三核苷酸中的优势重复基元。乌拉尔甘草EST-SSR以4～10次重复为主,基序长度主要集中于20～30bp。结论:乌拉尔甘草EST-SSR的出现频率高,重复类型丰富,理论上表明这些EST-SSR具有较高的可用性。本文通过对乌拉尔甘草EST资源的SSR信息的研究,为分子水平和生物信息学角度上开发乌拉尔甘草的SSR功能性标记提供了候选序列。
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