[目的]对比无痛胃、肠镜联合检查中胃镜与肠镜的先后操作顺序对检查的影响。[方法]采用随机数字表法将研究对象167例分为A组（90例）、B组（77例）,A组先行胃镜检查再行肠镜检查,B组先行肠镜检查再行胃镜检查,对比2组的术中麻醉药物使用剂量、操作时间、不良反应（包括窒息、呛咳、打鼾、呃逆）、术中生命体征（心率、血压、血氧饱和度）。[结果]A组与B组术中麻醉药物使用剂量、操作时间及术中生命体征比较均差异无统计学意义（P>0.05）。A组术中不良反应发生率为10.00%（9例）,其中窒息1例、呛咳5例、打鼾2例、呃逆1例;B组术中不良反应发生率为22.08%（17例）,其中窒息1例、呛咳7例、打鼾9例、呃逆0例。A组呛咳发生率低于B组,差异具有统计学意义（P<0.05）,A组总体不良反应发生率低于B组,差异有统计学意义（P<0.05）。[结论]在胃、肠镜联合检查时,先行胃镜检查再行肠镜检查的操作顺序不良反应发生率更低,值得在临床上推广。