本研究对国家大豆改良中心种质创新计划中296份稳定品系进行多环境田间试验获得蛋白质含量数据,并利用227对PAV标记和93对SSR标记基因型数据进行蛋白质QTL关联分析。结果表明,供试材料蛋白质含量变幅为34.50%~53.84%,平均遗传率达92.57%,品系与环境间存在极显著互作。6个环境下与蛋白质含量显著(P≤0.05)和极显著(P≤0.01)关联的位点分别有139、44个,分布于大豆基因组的20个染色体,其中在2个以上环境被重复检测到的有8个。以平均蛋白质含量>45%为标准筛选出64个新品系,分别来自33个杂交组合。基于AMMI模型的品种稳定性分析发现高蛋白含量材料Di变幅达0.08~1.27,来自菜豆5号/泰兴黑豆、南农73-932/早熟18等组合的新品系在6个环境表现稳定;基于分子标记可将高蛋白品系聚为6类,具有共同亲本的材料多聚在一起,且高值材料(>47%)和低值材料的杂交组合也被区分开。对5个在多环境都检测到的关联位点进行分析,发现64份高蛋白材料分别含0~4个优异等位变异,材料间优异等位变异的构成存在差异。聚合不同优异等位变异可能创造更高蛋白质含量的新品系。