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辽宁本溪晶花洞发育于中奥陶世马家沟组(O2m)厚层灰岩中,主要受近SN、NE断裂控制,沿近SN断裂发育高度不同的4层洞穴。洞内沉积物以化学沉积为主,机械沉积较少。通过测定洞内外的温度、湿度及CO2含量,对比研究发现洞穴封闭性较好,与外界大气循环较差。在与洞外干河河流阶地的高程及形成时代上的对比研究基础上,结合主洞所采年龄样的铀系法测年(111.5±5.3ka),初步推断晶花洞主洞发育于晚更新世。