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针对孵化系统具有强耦合、强干扰、大滞后的特点，提出一种基于分层结构的模糊免疫PID（Proportional—IntegralDerivative）算法，首先，前层结构控制采用前馈补偿解耦控制算法消除系统主要控制参数的耦合关系，后层结构控制根据系统主要参数易产生震荡和超调特点，采用模糊免疫PID控制算法，该算法根据模糊控制原理对PID参数模型中的kp，ki，kd进行在线修改，利用生物免疫机理调整非线性函数，然后用免疫修正进一步调整PID系统参数，实现家禽孵化设备中温度、湿度和含氧量的更为精确的智能控制。最