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目的：对吴茱萸和小花吴茱萸进行生药鉴别比较，为准确用药和寻找新药源提供依据。方法：原植物特征和药材性状描述，显微观察，TLC比较和理化鉴别反应，HPLC含量测定。结果：吴茱萸和小花吴茱萸的原植物形态、药材性状存在差异；二者的横切面显微结构有所不同；薄层色谱基本一致，并均检出吴茱萸碱和吴茱萸次碱；吴茱萸样品中吴茱萸碱和吴茱萸次碱的总量高于小花吴茱萸，小花吴茱萸的多数样品中的含量符合药典规定的限度。结论：实验显示的不同结果为二者鉴别提供了依据；显示的相同或相似结果为小花吴茱萸作为新药源进一步研究提供了线索。