薏苡(Coix lachryma-jobi)作为药食兼用的作物,具有非常高的营养和药用价值,但其基因资源缺乏。烯效唑(uniconazole, S3307)是三唑类植物生长延缓剂,可抑制内源赤霉素的生物合成,从而影响植物生长和抗逆作用。为了获得和挖掘薏苡的基因数据和功能,探究S3307对薏苡幼苗低温胁迫的缓解作用,本研究以’薏辽5号’为实验材料,采用Li-6400XTR光合仪以及转录组测序技术,探讨S3307对低温胁迫下薏苡幼苗光合特性及转录因子基因表达的影响。结果表明,5 mg/L S3307能够显著增加低温胁迫下的薏苡叶片叶绿素含量,蒸腾速率、气孔导度和净光合速率分别提高138.1%、59.59%和50.15%。通过筛选分析及Swiss-Prot数据库注释,获得WRKY类转录因子差异表达基因4个、碱性亮氨酸拉链(basic leucine zipper, bZIP)类差异表达基因6个、碱性螺旋-环-螺旋(basic helix-loop-helix, b HLH)类差异表达基因9个和AP2/ERF (APETALA2/ethylene-responsive factor)类差异表达基因6个。利用qRT-PCR技术对10个差异表达基因进行表达分析,变化趋势与转录组测序结果一致。本研究结果有助于深入揭示S3307对低温胁迫下薏苡光合特性和转录因子表达特性的作用机理,可为进一步开展响应低温胁迫的转录因子功能研究提供参考依据。