【目的】揭示热应激环境下蛋鸡肠道菌群结构、肠黏膜碱性磷酸酶活性和氨基酸转运载体mRNA表达量的变化机理。【方法】试验选择16周龄济宁百日鸡96只,随机分成对照组((24±1)℃;Ⅰ)和热应激((38±1)℃)组,各组设6个重复,每个重复8只,试验持续14 d。采用16S rDNA的PCR-DGGE技术和实时荧光定量PCR等手段,分析热应激2(Ⅱ)、7(Ⅲ)、14 d(Ⅳ)时,对十二指肠、空肠及回肠内容物菌群多样性和肠黏膜碱性磷酸酶活性以及氨基酸转运载体rBAT、y+LAT1、CATl mRNA基因表达的相对丰度变化规律。【结果】热应激7 d开始各肠段菌群多样性较为丰富,热应激7、14 d时空肠和回肠部位敏感乳杆菌(Lactobacillus agilis),回肠部位约氏乳杆菌(Lactobacillus johnsonii)、不可培养细菌(uncultured bacterium)和不可培养的拟杆菌属(uncultured Bacteroidales bacterium)均末检测到;而热应激不同时间段空肠和回肠部位可检测到不可培养细菌、溃疡拟杆菌(Bacteroides helcogenes)、卵形拟杆菌(Bacteroides ovatus)、索氏志贺氏菌(Shigella sonnei);空肠和回肠部位黏膜上皮细胞表面的碱性磷酸酶活性与Ⅰ组比较显著下降(P<0.05);而空肠和回肠Ⅲ组的rBAT、y+LAT1mRNA表达丰度均最低,空肠在各热应激时段表达丰度变化幅度最大(P<0.05),回肠的CAT1mRNA表达丰度在Ⅲ、Ⅳ组与Ⅰ组比较影响更明显(P<0.01)。【结论】热应激对空肠和回肠部位微生物菌群影响较为明显,肠道微生物群落改变可导致肠道的消化吸收功能发生改变。