两岸金融合作协议的签署，是两岸经济合作进一步深化的重要标志，两岸金融合作将因此呈现出全新的局面，这具体体现在以下三方面：一是随着台湾金融机构大陆办事处升格为分行，长期以来困扰台商的融资方式与途径将进一步多元化，尤其是其母公司的信用得以延伸，台资企业的资金取得必然更加便利，从而有助于台商在大陆投资布局的合理化和内销市场的拓展；二是有助于台资金融机构在大陆市场的业务拓展，解决长期以来困扰台湾金融业界的市场狭小以及过度竞争的问题。同时，具有丰富的中小企业融资经验的台湾金融机构的进入也会在很大程度上对大陆金融机构相关业务的拓展起到良好的示范作用；三是随着陆资赴台的启动，大陆金融机构赴台设立办事机构对于推动陆资入台、实现两岸经济的直接双向互动有着积极的意义，特别是在两岸共同应对国际金融危机冲击的大背景下，这种合作具有更加深远的影响。
　　金融是经济发展的血液，在两岸金融合作的积极推动下，两岸经贸关系也将出现一系列深刻的变化，这一变化将在两方面展开：一是两岸经济合作将在更新的起点上进行，要素配置亦将更加合理，使两岸能够更有效地整合相关资源，实现竞争力与经济效益的全面提升，从而更好地因应国际经济环境变化的挑战；二是进一步推动两岸经济合作的深化，尤其是在人民币国际地位日益提升的趋势下，两岸通过金融合作进一步稳定金融体系，建立完善的货币兑换与清算机制，有效抵御国际金融危机的冲击和影响，实现经济整合，从而使两岸在东亚区域经济合作中占据更加主动与有利的地位。
　　当然，签署两岸金融合作协议尽管在很大程度上为两岸金融合作乃至经贸关系的全面规范化与正常化奠定了更加坚实的基础，但是，在经济全球化的大背景下，两岸作为WTO的成员方也必须遵循相应的规范，尤其是在服务业开放进程的安排上。按照现行的规范，如果依循大陆的《外资金融机构管理办法》，台资银行必须在升格为分行2年后、在业务开展较为顺利的情况下，才能够全面开展人民币业务，这将极大制约台资金融机构在大陆的发展，也会使其错失在大陆有利的发展机遇；而单独对台资金融机构设定优先开放的进程，则与大陆的整体开放安排相悖，难免会引发相关争议。因此，尽快推进有关建立两岸经济合作框架的协商并签署相关协议，才是推动两岸金融进入实质性的全面合作的关键，舍此，两岸金融乃至经济合作仍难以得到全面有效的提升与深化。
　　“累积善意、先易后难、循序渐进、形成突破”，长期以来，两岸经贸关系的发展是依循着这一路径不断前行与发展的。相信在当前两岸关系日益缓和的情势下，通过两岸的共同努力，构建起全面的经济合作框架，推动两岸经济全面深入的合作，共享经济发展的成果，是两岸民众共同的期待。对此，我们既需要有充分的信心，也需要有足够的耐心。