【摘 要】
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利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组进行了Next Seq500测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析.结果 表明:共获得456 669条Unigene,
【机 构】
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沈阳师范大学生命科学学院,沈阳110034
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利用高通量测序技术对东北林蛙(Rana dybowskii)转录组进行了Next Seq500测序及拼装,获得了大量含有微卫星片段的序列并对其进行特征分析.结果 表明:共获得456 669条Unigene,其中二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸比例较为平均,分别为32.25％、29.12％、27.91％.二碱基重复类型中AT/AT为优势重复单元,有6 063个,占全部二碱基重复的61.0％;三碱基重复类型中AAT/ATT为最主要的重复单元,有2 668个,占全部三碱基重复的29.7％,其次为TCC/GGA重复数,有2 211个,占全部三碱基重复的24.6％;四碱基重复类型中AAAT/ATTT占绝对优势,有2 788个,占全部四碱基重复的32.4％.按照标准对全部的Unigenes进行位点搜索,筛选出89个微卫星位点,最终选择8个位点应用于36个个体上进行等位基因分型.观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)和多态信息含量(PIC)分别为0.000～0.667,0.105～ 0.926,0.099～0.921.这些位点可作为后续对东北林蛙的种群遗传、个体识别等研究的有力工具.
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