基因芯片技术是当代生命科学中具有革命性意义的重要研究方法.但是如何应用数理统计方法系统准确地解读该技术惠与我们的大批量整体性基因表达信息,乃当今基因芯片研究的一个关键性问题.我们以完成的寒证基因芯片数据库分析为基础,前瞻性地提出如下四类相互关联的分析方法:1.纵向发展的聚类分析(个体用药前后的连续追踪,进而研究家系寒证);2.横向互比的聚类分析(应用树状分层图、多维标度和平滑聚类等分析方法,考虑横向聚类分析我们已经收集的10万个证候调查数据);3.分证候的聚类分析(如肢冷单个证候疗效的分析,藉此可将39个寒证分证候聚类为六大类并做进一步分析);4.合寒证聚类分析(综合因素分析、聚类分析等方法研究寒证主效基因组及其组合模式对基因表达谱的决定性影响,寒证证候变量主导因素及其与主效基因组的相互关系等,进而“合之病能”).