【摘 要】
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旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异(CNV),并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪(其中阉公猪160头和母猪159头)1.4M高密度SNP芯片的数
【机 构】
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江西农业大学省部共建种猪遗传改良与养殖技术国家重点实验室,江西省吉安市畜牧兽医局
【基金项目】
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国家自然科学基金(31972542,31660303)
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旨在检测巴马香猪基因组上的拷贝数变异(CNV),并探究标记密度对于CNV检测效率和准确率的影响。本研究利用319头巴马香猪(其中阉公猪160头和母猪159头)1.4M高密度SNP芯片的数据,采用PennCNV和R-Gada两种软件进行CNVs检测;然后通过重叠CNV融合法,构建拷贝数变异区域(CNVR),并用全基因组关联分析(GWAS)对频率大于5%的CNVR进行验证;最后根据不同的标记密度,均匀抽取一定数目的SNPs来探究标记密度对CNV检测效率和准确性的影响。结果,PennCNV和R-Gada软件分别
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