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利用二代测序数据判定SNP基因型

来源 :东华大学学报(自然科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户：xiawa371236585

【摘 要】

：

通过将二代测序数据与连接酶检测反应（ligase detection reaction,LDR）对单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP

【作 者】

：

陈科  李凯  周宇荀  肖君华 

【机 构】

：

东华大学环境科学与工程学院,东华大学生物科学与技术研究所

【出 处】

：

东华大学学报(自然科学版)

【发表日期】

：

2017年3期

【关键词】

：

单核苷酸多态性(SNP) 二代测序 多重聚合酶链式反应(multiplex PCR) 

【基金项目】

：

国家自然科学基金面上资助项目(31371257);上海市科委关键资助项目(14140900502)

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通过将二代测序数据与连接酶检测反应（ligase detection reaction,LDR）对单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）基因分型的结果进行比对,确定二代测序数据判定SNP基因型的经验性阈值.利用多重聚合酶链式反应（multiplex polymerase chain reaction,multiplex PCR）对91个样本进行19个SNP位点的扩增,扩增的产物混匀纯化后在Ion torrent PGM仪器上进行二代测序.利用LDR技术对相应

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