“新地平线”号离家可能已经32亿千米远了，但是2012年以来的大部分时间里，该飞船都一直由其操纵者所控制。
　　自从2012年1月3日将“新地平线”号从休眠中唤醒以来，来向美国马里兰州约翰·霍普金斯大学应用物理实验室的“新地平线”号任务操作团队，已经向该飞行器的计算机上传了一套新的指令，确保其数字数据记录器的运转正常。为了进行无线电科学实验(REX)对通信系统进行了初始化，刷新了其中一个导航及控制处理器的存储器插槽上的存储器，并且为超过3个月的冥王星太阳风(SWAP)及冥王星高能粒子谱仪科学考察(PEPSSl)的科学数据搜集工作进行了准备。该团队1月27日使飞船重新进入了休眠状态。
　　“这是忙碌的一个月，满是内务及维护工作，我们已经准备好使飞船返回到休眠状态了。”应用物理实验室(APL)的新地平线号任务控制经理布朗说，“‘新地平线’号的状态很好。”
　　通过美国航空航天局的深空网络传输的这些指令，像所有与“新地平线”号的通信一样，将引导该飞船的动作直至2012年5月。最近几周来，控制团队也部分地对飞船的两部数字数据记录器写入“测试模式”——1和0——以核实这些记录器写入和下载数据没有任何问题。另外控制团队还在1月24日进行了一次小规模的变轨操作，使“新地平线”号的天线在4月30日的时候对准地球方向，以便进行一年一度的飞船检查。
　　无线电科学实验测试于1月21日进行。一次偶然的地一月一船一线的机会使控制团队有机会进行测验，对“新地平线”号将在2015年为探测冥王星大气及搜索冥王星最大的卫星卡戌周闹大气而使用的掩星技术进行模拟。
　　在“新地平线”号飞近冥王星的实际过程中，船上的2.1米碟状天线将朝向地球。当飞船先后进入冥王星及卡戎的背面时，深空网络最大的天线高功率发射机将向飞船发射电波信号，电波会因大气的平均分子重量及温度产生弯曲。
　　2012年1月的无线电科学实验测试中，“月球通过我们指向飞船的视线，也正是在冥王星及卡戎掩星过程中将要发生的。”新地平线项目，既应用物理实验室科学家哈尔说，“我们不寄希望于探测到月球的稀薄空气，但是该数据将足以证明REX在正常工作。”
　　经过1月的唤醒之后，SWAP及PEPSSI仪器将第一次启动，以收集在飞船休眠期间的大量科学数据。2010年秋季进行的一项实验表明，这些仪器可以在不“打扰”超灵敏的维妮夏·伯尼尘埃计数器(该仪器记录微小的空间尘埃粒子“撞击”数，并且通常是休眠期间唯一运行的仪器)的情况下工作。
　　“SWAP及PEPSSI有机会使用远比‘先锋10’号及11号或者‘旅行者’号行星际探测器(另一艘曾到此处的飞船)所携带的更为强大的仪器，对天王星及海王星之间的太阳风进行详细测量。”应用物理实验室的拉尔夫，PEPSSI主要研究者说，“这些数据能促进人们对于太阳风与本地星际介质相互作用的理解，使‘新地平线’号的仪器加入到由‘旅行者’号、土星的‘卡西尼’号及地球的‘星际边界探测器’飞船所携带仪器组成的网络中，探索宇宙等离子体宏大的相互作用。”