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基于不同生态单元分析生态系统服务正负价值有助于全面客观地了解生态系统服务的异质性。选择典型山地-绿洲-荒漠系统（Mountain-Oasis-Desert System,MODS）下的玛纳斯河流域作为研究区，以1990年、1995年、2000年、2005年、2010年及2015年Landsat系列遥感影像为数据源，采用修正后的生态系统服务价值系数对不同生态单元下的生态系统服务正负价值进行估算。结果表明：（1)1990—2015年玛纳斯河流域土地利用/覆被变化较为显著，耕地、水域及建设用地面积呈现增加趋势，林地、草地及未利用地面积呈减少趋势，其中耕地和未利用地面积变化最为剧烈，建设用地增幅最大，林地减幅最大。（2）研究时段内，研究区正向价值远高于负向价值，且净价值小幅度增加。正向价值在经历“增加-减少-减少-增加-增加”的变化过程后呈现增加趋势，并呈现山地区>绿洲区>荒漠区的特征；各负向价值均表现为不同程度的增大趋势，其中温室气体排放、化肥流失及水资源消耗是流域内最为突出的负向生态系统服务，三者价值之和占比在不同时间段上均达90%以上；净价值由研究初期的8947.89×10~6元增加至末期的10409.99×10~6元，年均增加0.65%。（3）人均生态系统服务净价值呈现下降趋势，流域环境压力增大。