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由于多年来对伊犁河流域湿地的生态功能缺乏足够的认识。对湿地停留在原始的开发利用上,人为大面积围垦,从而使大量的天然苇湖、沼泽,或被开垦成农田,或因开沟挖渠变成荒碱滩,这种开发和利用湿地方式,使得伊犁河流域湿地面积逐年缩减。无节制地对伊犁河沿岸湿地进行开垦导致了土地的荒漠化,超载放牧使沿岸草场大面积退化、沙化,对河谷次生林地林木乱砍滥伐,