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本研究对36份三峡库区不同来源的青蒿种质资源的遗传多样性进行AFLP和RAPD分析,并对两种检测结果进行比较。AFLP分析结果表明青蒿种质资源的遗传距离在0.0000-0.1967cM之间,平均为0.0911cM;RAPD分析结果表明青蒿种质资源的遗传距离在0.0000-0.3254cM之间,平均为0.1614cM。青蒿种质资源遗传相似系数按类平均法,AFLP和RAPD均可分为4类。其中,36份青蒿种质资源中的20份（55.6%）AFLP的分类结果与RAPD的分类有较好的一致性。