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目前为了培养本科生的创新实验能力,大部分高校针对本科生开设了创新实验项目,给本科生提供了创新实验的经费、师资、平台等必要条件.但目前绝大部分本科创新实验过程中的实验为入门实验,所使用的大型设备非常少,在提倡“科研与创新实践相结合”形势下,本文介绍了大型设备二次中性粒子质谱仪和原子力显微镜在本科创新实验中的作用.