在中国古代，由于科学技术水平的局限性，人们对朱砂的功效和毒性缺乏科学认识，因而将朱砂列为中药材的上等品。古代医家认为，朱砂有安神、镇静、养生作用。《神农本草经》称：朱砂养精神、安魂魄、益气明目、杀鬼魅邪恶魔，久服通神明不老。《名医别录》称：朱砂通血脉、亡烦消渴、益精神、悦泽人面，除中恶腹痛气疥痿诸疮，轻身神仙。《本草经疏》一书也也有类似描述。
　　在中成药里，含朱砂的品种占10%；在儿科中成药里，含朱砂的品种占20.32%。许多有名的中成药，如牛黄清心丸、朱砂安神丸、冠心苏合丸、再造丸、柏子养心丸、安宫牛黄丸、磁朱丸、跌打丸、七厘散、七珍丸、天王补心丸、紫金锭、宁神定志丸、回天再造丸、回生救急散、冰硼散、红灵散、苏合香丸、龟灵集散、健脑益元散、蛤蚧定喘丸、紫草丸、紫雪散、犀角紫草丸等，都含有朱砂。儿科中成药含朱砂的则有小儿太极丸、小儿百寿丸、小儿回春丸、小儿至宝丸、小儿奇应丸、小儿紫草丸、小儿牛黄散、小儿保安丸、小儿急惊粉、小儿祛痰定惊丸、小儿痧疹金丸、琥珀保婴丹、婴儿乐、惊风散等。
　　朱砂是无机汞的一种，含有许多对生物体有害的重金属，如砷、铅、锑、硅、铋等。汞进入人体后，半衰期长达70天，可引起蓄积中毒，造成脑、肝、肾损伤，其中以肾脏的损伤最为严重。我曾经遇到过三位患者，他们分别是72岁的男性，75岁的男性和68岁的女性，均患有冠心病和不同程度的神经衰弱，在持续服用含有朱砂成分的冠心苏合丸、柏子养心丸、天王补心丹等药1～2年后，出现了肾功能衰竭而住院治疗。虽经多方治疗与抢救，终因病情过重而死亡。
　　为了保障人们的用药安全，促进中医药的健康发展，有专家建议将朱砂从药典中删除，不再使用。在国家药典未修正之前，对含朱砂的中成药要慎用，尤其是不要长期过量服用。