建兰转录本的微卫星序列和单核苷酸多态性信息分析

来源 :浙江大学学报(农业与生命科学版) | 被引量 : 0次 | 上传用户:ahzhangxz
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利用建兰转录组数据对其微卫星序列又称简单重复序列(simplesequencerepeat,SSR)和单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)进行搜索,并对其所在序列进行注释,从而为建兰分子标记的开发提供有效信息.利用High-Seq技术对建兰转录组进行深度测序,采取从头拼接策略进行拼接,最后得到了101423个转录产物,其中含139385689bp,平均长度为1374bp.在这个转录组数据库中一共检测到17793个SSR和16676个SNP位点,它们的平均密度分
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