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南沟西金钴矿处于秦祁昆早古生代造山系东昆仑-柴达木造山亚系昆南陆缘活动造山带南部，是青海省重要的多金属成矿带。矿区内断裂构造较发育，出露的绢云母千枚岩呈现金元素富集的特征，且石英脉、糜棱岩发育，该区金矿化极不稳定，四处矿化点中经揭露后虽然存在，但均以贫化，说明了构造成矿的不均匀性特征，同时说明了金元素具有淋滤富集的特征。