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以5种真核、15种细菌、10种古菌生物基因组为样本，对密码对使用偏好性指标Г与密码对随基因组进化的指标α之间作线性分析，发现部分密码对的r值与α之间有显著的线性关系；密码子第三位点与紧邻密码子第一位点的双碱基（cP3cAl）使用与基因组进化有关。结果进一步肯定了密码对的使用与基因组进化存在相关性，同时从密码对使用的角度揭示了真核生物、真细菌、古菌的基本差别。