距离约束分子动力学计算低聚核苷酸d（GGTATACC）2溶液中三维结构

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【摘要】

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８聚核苷酸ｄ（ＧＧＡＴＡＣＣ）２溶液中的三维结构通过简单的高温和低温动力学计算以及能量优化的方法获得，计算中标准Ｂ型双螺旋ＤＮＡ为初始结构，加上螺旋间的２０个氢键约束和由核磁共振ＮＯＥＳＹ谱获得的１８６个ＮＯＥ约束，另外还加

【作者】

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阎江丽张友杰

【机构】

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中国科学院武汉物理与数学研究所波谱与原子分子物理国

【出处】

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化学学报

【发表日期】

：

1998年8期

【关键词】

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d(GGTATACC)2 立体结构三维结构 NMR 核苷酸 d( GGTATACC)2 rMD NOE constrains solution - st

【基金项目】

：

国家自然科学基金(39270208)

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８聚核苷酸ｄ（ＧＧＡＴＡＣＣ）２溶液中的三维结构通过简单的高温和低温动力学计算以及能量优化的方法获得，计算中标准Ｂ型双螺旋ＤＮＡ为初始结构，加上螺旋间的２０个氢键约束和由核磁共振ＮＯＥＳＹ谱获得的１８６个ＮＯＥ约束，另外还加入二面角约束３２个，计算所得的６个低能（－３０２±ｋＪ／ｍｏｌ）优势构象的均方根偏差均小于０．０６ｎｍ，平均均方根偏差为０．０４３ｎｍ，从优化结构反算所得的ＮＯＥ谱与实验２数据

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