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认识院校研究机构与其他组织机构之间的区别，分析院校研究机构与现有管理组织结构之间的矛盾，是院校研究“本土化”实践中面临的问题。一方面，院校研究需要通过自身功能的发挥获得其他组织机构的承认，证明自身存在的合理性和必要性；另一方面，所在的管理组织结构必须提供院校研究实现其功能的土壤。本文对现存的管理组织结构与院校研究之间存在的矛盾进行分析，并对现有管理组织结构的改革提出了建议。