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沙眼衣原体是最常见的性传播疾病病原体之一。生殖道沙眼衣原体持续性感染可引起男性附睾炎、前列腺炎，女性尿道炎、宫颈炎、盆腔炎、异位妊娠和不孕等严重后遗症。但亦可呈隐匿性、持续性感染，而且不同地区不同人群优势流行菌株分布有所不同，本文就沙眼衣原体基因分型、分子流行病学、与临床的相关性及对机体的部分免疫损伤机制进行综述，以期进一步阐明不同型别的优势流行或较易引起严重疾病并发症的茵株是否与其特定的致病性或毒力有关。