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对于处理机节点具有不同的计算速度、通信延迟和存储容量的异构机群系统，考虑通信启动开销，基于可分负载理论，提出一种双序列全局比对问题并行处理的最优分配策略，利用该策略确定出并行迭代次数和分配给各个从处理机的子序列长度。异构PC机群系统上的实验结果表明，提出的双序列全局比对并行算法优于基于平均分配策略的并行比对算法，获得良好的加速和可扩展性。