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为了研究籼粳亚种基因调控序列的总体特性，我们利用籼粳稻以及拟南芥基因组和全长mRNA序列获取了大量高可信度的调控序列，通过这些序列，分析了水稻基因调控序列顺式作用元件（信号）的数量、分布以及与GC含量的关系等．研究结果表明：一些信号在水稻基因调控序列中发生显著的数量变化。同时一些信号数量在水稻与拟南芥基因问存在明显差异，这说明这两种单双子叶植物间信号的使用上存在偏好，同时水稻不同类型基因以及特有与非特有基因问在信号的使用上也存在差异．这些差异信号的分布直接导致了调控序列GC含量的波动．本研究没有发现水稻籼