【摘 要】
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利用Illumina/Solexa高通量测序技术,开展了中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎的小RNA深度测序.对测序结果进行生物信息学分析,分别筛选获得中华绒螯蟹的8 569 743条和长江华溪蟹的
【基金项目】
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江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD);江苏省高校自然科学基金项目(13KJB180008、15KJD180005)
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利用Illumina/Solexa高通量测序技术,开展了中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎的小RNA深度测序.对测序结果进行生物信息学分析,分别筛选获得中华绒螯蟹的8 569 743条和长江华溪蟹的8 719 465条干净序列(Clean Unique Reads),长度分布在20 nt~22 nt区间内的分别占有30.47%(Ejs-OB:中华绒螯蟹胚胎测序文库)和30.38%(SY-OJC:长江华溪蟹胚胎测序文库).用SOAP程序将小RNA定位到基因组,结果 Ejs-OB中分析筛选出5 745 279个小RNA,其中13 472种小RNA与基因组的序列匹配;SY-OJC中分析筛选出4 397 509个小RNA,其中18 407种小RNA与基因组的序列匹配.分类注释的结果显示,中华绒螯蟹和长江华溪蟹分别有6 293 445(Ejs-OB)和5 596 614(SY-OJC)条miRNA候选序列,但未预测发现新miRNA.在表达水平的差异分析结果中发现miR-1183、miR-1357、miR-1591、miR-2382的表达水平上调且差异显著.在两文库中搜寻到一些共同miRNA*序列,其中miR-139*、miR-1419g*、miR-1798*、miR-202*、miR-2068*和miR-454*也是表达变异较大.这些结果表明,miRNA可能在调控与中华绒螯蟹和长江华溪蟹胚胎发育相关的基因表达中起重要作用.
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