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20世纪下半叶以来,日本国内大量的森林遭到破坏,变更为农地和建设用地。同时,由于农药的使用与使用有机肥料向无机肥料的转变,使得农田的质量不断下降。而农田水利设施的建设阻断了自然的生物廊道。这些变化造成了生物多样性的降低、传统知识逐渐丧失;同时,山区还面临兽害的增加,农村环境污染和竹林的不断扩张等一系列问题,农业生态系统曾经面临严重挑战。