唾液多肽经Zip-Tip C₁₈固相萃取和氧化石墨烯-磷酸镧纳米复合材料（LaGM）两种方法分离后,利用高分辨串联飞行时间质谱进行多肽鉴定,将重复两次的结果合并,比较两种方法的异同。利用Zip-Tip C₁₈方法共检测到归属于38种蛋白质的545条序列特异肽段,而LaGM方法检测到了来源于44种蛋白质的359条序列特异肽段,其中二者重合的有116条肽段,归属于21种蛋白质。两种方法所得的肽段分布特征和优势肽段构成存在明显差异, Zip-Tip C₁₈更多富集Submaxillary gland androgen-regulated protein 3B、Statherin和Salivary acidic proline-rich phosphoprotein 1/2等蛋白质的肽段,而利用LaGM方法可检测更多的来源于Histatin-1、Histatin-3和Protein S100-A8的肽段,考虑翻译后修饰,结论一致。以上结果表明,这两种方法对多肽的富集有一定偏好性,即多肽分离过程有可能导致肽段的特异性丢失。进一步分析发现,丢失肽段可能是检测到肽段的序列相关肽段、修饰相关肽段、所归属蛋白质的其它肽段或其它蛋白质的肽段,但序列相关肽段的几率更大。本研究表明,不宜用单一分离方法的结果代表整个多肽组, LaGM方法虽然检出肽段数目较少,但可以获取更多的降解蛋白质的信息。