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本研究应用纳升液相色谱联用四极杆傅立叶变换回旋共振串联质谱仪对经双向电泳分离后的植物小立碗鲜(physcomitrella patens)的两个蛋白进行序列分析，共测定了15个肤段序列，序列长度在10个氨基酸左右，相对分子质量在1 000一3 000 u之间，误差均在10 ppm以内。经Mascot的离子查询、序列标签查询以及BLAST查询，均未得到有意义的结果，表明这两个蛋白为新蛋白。FT-ICR一MS提供的可靠序列可用于新蛋白的基因克隆和蛋白表达。该研究表明，高分辨、高灵敏、高质量准确度的FT一ICR MS在植物新蛋白研究中将发挥非常重要的作用。