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目前，大部分政府办公网络选用的系统本身存在着安全弱点或隐患，主要是：操作平台弱点和漏洞(如操作系统、数据库系统、通用软件系统等)，网络协议的开放性(如TCP／IP协议)，网络设计及硬件设备存在的弱点等。特别是电子政务所采用的内网、外网和专网都采用互联网的协议、标准、规范，这给电子政务的安全带来了很大的威胁。另外，应用软件系统的Bug，也是系统安全的潜在隐患。