政府部门职能“碎片化”导致的协作难题是公共管理领域一直存在的经典议题。作为回应部门协作难题的两种传统方案,“大部门制”侧重于机构合并;“整体性政府”侧重于构建跨部门机制。两种方案皆难以解决部门内部业务流程不畅导致的协作障碍。本研究以职能重组和业务流程再造为理论视角,以我国2019年“多规合一”改革为案例,深入探析并对比分析改革前后建设工程行政审批流程的变化。研究发现,政府部门重组、业务流程优化的同时存在产生了组合效应,使得“多规合一”改革前后的行政审批流程获得制度性优化。政府部门职能重组是业务流程深度优化的前提条件,业务流程得以深度优化是机构改革职能重组效果获得制度性固化的保障。这既对破解政府部门协作这一难题具有重要的理论意义,也对持续推进我国政府职能转变和改革具有实践启示。