基于Logistic的肿瘤基因表达的预测

来源 :电脑知识与技术 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lisson000
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
  摘要:针对急性白血病、小圆蓝色细胞肿瘤难以用传统诊断方法做出快速判断的问题,提出基于Logistic并使用ReliefF作为特征提取算法的肿瘤识别方法。对急性白血病数据集,提取出排序前2的特征并用Logistic分类器进行分类,得到97.06%的预测准确率。对小圆蓝色细胞肿瘤数据集,提取出排序前17的特征再用分类器进行分类,得到了100%的预测准确率。
  关键词:Logistic;ReliefF;AML-ALL;SRBCT
  1概述
  在我國,恶性肿瘤的世标发病率、死亡率、死亡发病比均高于世界平均水平,已成为严重威胁中国居民健康和社会发展的重要公共卫生问题。根据近几十年分子生物学的研究结果表明,肿瘤的发生发展是多基因、多步骤、多阶段的复杂过程。目前普遍采用的传统病理学的诊断方法采用细胞形态学对肿瘤进行诊断,过程简便易行,却带有很大程度上的主观性,个人误差难以排除。而后基因芯片等高通量技术的发展弥补了这一严重的局限性。
  利用基因芯片技术,可以一次性同时检测成千上万个基因的表达值,生成包含成千上万个基因表达值的基因表达谱,应用于对肿瘤的分类、基因的功能研究、观察药物对肿瘤细胞基因表达谱的影响等各方面,在癌症的诊断和治疗中起着重要作用。但基因表达数据通常具有数据量大、维数高、样本小、非线性的特点,给后期的数据处理带来巨大挑战,每个样本均包含了所有的基因表达值,却只有少数基因与肿瘤分类相关。因此,在数据处理过程中,需要有效的挑选出少量的特征基因,消除噪声及冗余基因,以此来降低样本维数,提高分类器性能。
  本文使用经典的过滤式评估算法ReliefF对数据进行特征选择,结合Logistic分类器对Golub等收集的急性白血病基因表达普和Khan等收集的SRBCT基因表达谱进行相关实验研究,以较少的特征维数获得较好的分类结果。
  2材料与方法
  2.1数据集
  2.1.1ALL-AML数据集
  Leukemia白血病是造血系统的一种恶性肿瘤,表现为骨髓、淋巴结等造血系统中一种或多种血细胞成分发生恶性肿瘤,并浸入体内各脏器组织,导致正常造血细胞受抑制,产生各种症状。在临床上,根据白血病细胞的形态及组织化学染色表现,可将此病分为急性淋巴细胞性白血病(Acute Lvmphoblastie Leukemia,ALLl以及急性髓细胞性白血病(Acute Myeloid Leukemia,AML)两大类。
  本文采用的第一组数据集来自Golub等收集的急性白血病ALL-AML数据集。该数据集包含72个样本,每个样本包含7129条探针或基因的表达值,共由两种不同种类的白血病样本组成:47个急性淋巴白血病ALL样本和28个急性骨髓白血病AML样本。数据详情见表1。
  2.1.2SRBCT数据集
  小圆蓝细胞瘤(SRBCT)是一种恶性肿瘤,多发于儿童,具有四种亚型,分别是:尤因肉瘤fEwing%sarcoma,EWS),伯基特淋巴瘤(Burkitt%lymphoma,BL),成神经细胞瘤(Neuroblastoma,NB)和横纹肌肉瘤(Rhabdomyosarcoma,RMS)。这四种亚型在显微镜下这些肿瘤细胞模样非常相似,治疗方案各不相同,目前尚未找到能精确区分这四种亚型的单一生物学或化学诊断方法。
其他文献
根据美国医疗保险和医疗补助服务中心(CMS)近期发表在Health Affairs杂志的结果,2016年,美国医疗支出增长了4.3%,低于2015年的5.8%,主要是零售处方药、医院治疗、医生和临床服务支出增
分布式光纤传感技术是基于光纤工程中广泛应用的光时域反射技术发展起来的一种新型传感技术。理工类专业中,实验教学培养动手能力是必不可少的,而在光纤传感实验方面,原有的
期刊
<正> 前言 1992年下半年,中华人民共和国电力行业标准《火力发电厂高温高压蒸汽管道蠕变监督导则》DL441—91正式颁发。《导则》对维护高温高压电厂蒸汽管道的安全运行具有重
近日,国家卫健委公布了《关于做好2018年家庭医生签约服务工作的通知》,要求基层医疗卫生机构建立完善机构内部管理考核工作机制,借助信息化手段,提高数据采集、分析、利用的
文章针对高职学生的学习特点,在制冷空调专业的学生在学习《空气调节》课程的过程中,提出采用基于任务驱动的项目化教学方法,使学生摆脱烦躁的纯理论学习,以实践项目为基础,
低碳经济已成为世界经济发展的趋势。发展低碳经济,逐步减少对高碳能源的依赖,是科学发展观的客观要求,也是化解我国刻不容缓的现实压力和国际责任的必然要求。发展低碳经济
一种用于超高压交、直流输电系统过电压的重要分析工具——电力系统综合模拟器已由湖北电力试验研究所研制成功,并于3月14日在武汉通过了技术鉴定。这套装置包括了交、直流输
随着我国农业产业化的推进,其组织结构也随之发生演变——逐渐从"公司+农户"模式转变为"公司+合作社经济组织+农户"模式。文章基于风险配置视角,建立公司与农户的委托-代理模
<正> 我们知道,JJG—153—86《标准电池检定规程》推荐用差值替代法检定标准电池。也就是先让标准的标准电池(设其在任一温度t_n℃的电动势为E_n~(tn)与过渡标准电池(设其在