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冷冻干燥会造成乳酸菌细胞膜的损伤，主要有机械损伤、溶质损伤、细胞膜渗透性损伤、DNA损伤；导致蛋白质变性失活、pH的动态甲衡被破坏；以及细胞膜脂肪酸组成的变化。这些不同形式的损伤会使乳酸菌在生产过程中的存活率降低。因此．应该依据这些损伤机理提出一些相应的降低冻于损伤的保护措施。这些措施包括：选择将损伤降到最低的最佳冷冻速率；添加适宜的保护剂；改变乳酸菌的遗传性状使它们具有较强的冻干抵抗力；采用自然选择的方法筛选出适应冻干条件的优良菌株。