通过合作加强知识产权的保护,是自由贸易协定中的一项重要内容。面对国际知识产权保护出现的动向,中国自贸试验区的知识产权管理有三种选择:(1)区内实行高标准或TPP式的严格保护制度;(2)区内除特殊行业实行高标准重点保护外,总体上应按TRIPs的规定实施知识产权保护;(3)区内遵循TRIPs知识产权保护规定,但逐步向高标准看齐。过高的保护会损害中国企业的利益,并阻碍中国经济的发展的势头。但如果中国准备进入TPP谈判,加入美国的游戏规则,那么在区内试行TPP高标准,然后向全国推广,也未尝不可。不过,具体在试行中会出现一系列的问题:第一,"一国两法"问题;第二,双重法规在区内企业与区外企业发生纠纷解决中出现双重标准问题。为此,目前各自贸试验区可以做的是:(1)区内应有机构承担起知识产权保护管理的职能;(2)缔造区内严格、透明、高效、公正的知识产权保护环境;(3)成立快速调节中心,建立多元化纠纷解决机制;(4)补充并提供平行进口适用法律。