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层序及其边界的形成主要控制因素为：构造沉降作用；相对海（湖）平面周期性升降；沉积物供给量；古气候。层序是这四者之间相互作用的结果。构造作用和海平面是控制层序形成和演化的关键；相对海平面周期性升降直接控制着可容纳空间的变化速率；沉积物类型、物源特征及沉积环境等还直接控制着沉积体系的发育；气候因素对层序形成的控制作用主要体现在对沉积物类型的控制。