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烟草赤星病是由链格孢菌引起的叶部真菌病害,对烟叶产量和质量影响较大.收集山东诸城、即墨、高密3个地区的烟草赤星病病原菌,通过病原菌菌落和分生孢子形态特征研究,明确所收集的12株病原菌均属于链格孢属真菌.利用DNAMAN软件和NCBI数据库进行真菌rDNA-ITS区域序列分析,初步确定:A3、A4、A7为Alternaria sp.;A1、A2、A5、A6、A9、A10、A11、A12为链格孢Alternaria alternata;A8为细极链格孢Alternaria tenuissima.表明山东部分地区烟草赤星病的病原菌主要为链格孢菌Alternaria alternata.此研究为链格孢菌致病机制研究和烟草赤星病防治提供理论依据.