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阿尔泰两河源区生境多样性形成了新疆地区独特的、具有潜在经济和生态价值的遗传基因,多种动植物已被列为优先保护物种和中国濒危重点保护植物,其物种多样性在新疆乃至全国占有相当重要地位.在物种多样性保护和研究方面,对重要的动植物资源进行迁地保护和专属引种研究.物种多样性迁地保护、种群分布地生态系统保护和自然景观多样性保护对古老特有成分、受威胁的动植物种类和具有重要经济潜力的物种资源具有重大意义.