目的:探索针刺实验文献中穴位生物学效应的分子机制,为临床及实验研究提供方法参考。方法:检索《中国知网》(CNKI)、《万方数据资源库》和《中国生物医学文献数据库》(CBM)三大数据库中的针刺动物实验文献。筛选出单纯针刺对动物机体内相关基因表达影响研究的文献,按文献纳入标准和排除标准选择、整理文献。采集文献中的有效穴位及相应的基因名称,运用Python编程语言编写的软件、Cytoscape3.3.0软件及MECODE复杂网络算法进行统计分析。结果:获得符合研究的文献2136篇,穴位233个,分子793个;频次排在前十的穴位为足三里、百会、内关、水沟、大椎、三阴交、肾俞、曲池、风府、阳陵泉;频次排在前十的分子有:BCL2、FOS、BDNF、Bax、CASP3、TNFA、GFAP、NGF、HSP70、IL1B;频次排在前五的穴位配伍有大椎-百会、水沟-百会、百会-足三里、三阴交-足三里、内关-水沟;穴位足三里处于穴位-基因网络的中心位置;通过复杂网络的模块分析发现,一些穴位与一些通路相关的基因落入同一网络模块中。结论:本研究发现足三里穴是针刺实验研究的最常用穴位,足阳明胃经可能与代谢通路关系密切,这一发现可为临床及实验研究提供新的研究思路。