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在新修订的《环境保护法》施行以后,我国环境公益诉讼制度进入了一个崭新的历史时期。鉴于目前我国自然保护区管理和保护工作所面临的困境,立足于现实,充分利用环境公益诉讼这一制度保障解决现实问题是必要的,也是可行的。我国应当探索赋予自然保护区管理机构提起环境公益诉讼的主体资格,发展环境公益诉讼在自然保护区语境下的运行机制,并根据实践经验和理论分析制定一系列相关立法,逐步将环境公益诉讼深化为自然保护区管理工作的一部分。