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利用RACE技术克隆出的棉花热激转录因子基因片段的3’端序列为探针，对棉花EST数据库进行BLAST搜索，筛选与探针高度同源的EST序列，再利用DNAMAN软件进行拼接，获得了棉花Hsf基因（GhHsf）。生物信息学分析表明，GhHsf基因的开放阅读框为1515bp，编码504个氨基酸，分子量为55513．7Da，理论等电点为5．45。具有热激转录因子家族固有的氨基酸保守结构域，并且与主要的高等植物Hsf具有较高的同源性。棉花热激转录因子的氨基酸序列中没有预测到信号肽以及跨膜区域。