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目的对上海地区2002年4—6月儿童手足口病流行期间的手足口病患儿进行病原学调查。方法采集手足口病患儿的疱疹液、粪便、咽拭子进行病毒分离;分别用肠道病毒组合血清、肠道病毒71型(EV71)单价血清和柯萨奇病毒A组16型(CA16)单价血清对分离到的病毒进行中和试验定型;对不能定型的病毒株再分别用EV71和CA16的VP1基因的特异性引物进行RT-PCR鉴定。结果从72例患儿共采集102份标本,由其中67例患儿的91份标本分离到病毒;所有分离到的病毒株均不能用血清学方法进行定型;进一步经RT-PCR检测,58例为CA16,9例为EV71,二者之比为6.4∶1;其中2例的EV71病毒株经中国疾病预防控制中心进行序列分析,认为属新的C4基因亚型;在EV71阳性病例中1例并发脑炎,出现抽搐、休克、昏迷、呼吸衰竭。结论从该组手足口病患儿检测到的主要病原是CA16和EV71;在上海地区首次报道与EV71感染相关的手足口病合并重症脑炎病例。