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在猪场疾病治疗过程中通常会使用抗生素，而猪粪又常用于施肥，猪粪中会有抗生素残留，长期用于施肥会导致土壤中的细菌产生耐药性。研究表明，即使是没有使用抗生素的猪产生的粪便用于施肥，土壤中的细菌也会产生耐药性。这一观点在2014年10月6日发表于美国国家科学院。在自然环境中，许多细菌自身携带抗生素基因，可能是防御土壤中某些真菌和细菌产生的抗生素，而这些抗生素在实验室中研究出来再用于治疗受感染的人和动物，加快疾病的愈合。