目的了解北京地区褐家鼠不同地理种群遗传多态性与该地区汉坦病毒(HV)基因变异及其分布可能存在的关联。方法选取北京市不同地区捕获褐家鼠,采用巢式RT-PCR法检测HV M基因片段,获得的阳性标本产物进行直接测序,构建系统发育树。另一方面对不同HV来源的宿主个体和其对应种群内随机选取的其他个体,以及其他一些地区鼠类作为参照,用随机扩增多态DNA(RAPD)技术获得褐家鼠基因组DNA多态性图谱,利用RAPDDIST和PHYLIP软件分析褐家鼠种群多态性,并与对应的北京地区的HV差异和分布进行比较。结果选用50个随机引物进行扩增,有5个引物获得清晰、多态性高的RAPD谱带。不同区域种群RAPD标记不尽相同,北京市褐家鼠地理种群之间存在一定程度的遗传分化,大部分种群遗传距离较为接近,其中采集于某农产品集散地的XFD种群遗传距离相对较大,有特异性标记条带。11个HV代表序列均为汉城型汉坦病毒,基因差异为0.1%~8.0%,可分为2个主要的支系,多数毒株变异类型在不同地域中交叉分布,但BjFT01株变异较大,成一个独立的支系。通过Bootstrap分析和系统树图比较,种群分化较大的XFD种群与该区获得1株亲缘关系相对较远的HV相对应。结论北京市不同区域HV及其褐家鼠DNA多态性均存在一定差异,不同种群尤其是输入性种群对北京HV流行影响程度不同,初步显示一些特定种群与特定的基因性别有一定的关联。XFD种群外源基因交流渗入的可能性较大,进一步证明北京市HV随着鼠类种群迁移输入的可能性极大,但仍有待于选用一些特异性标记基因多态性进行继续研究。