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针对目前微流控芯片上连续电泳实验过程中所产生的峰值重复性差的现象,建立了芯片的沟道模型,并对分离过程中沟道内的流场进行CFD仿真。仿真发现分离时缓冲液被推入样品池从而稀释了下次实验的样品,进而造成了连续电泳分离过程的峰值重复性差。最后通过实验验证了该仿真结果并在此基础上优化了分离时的电参数,将连续实验峰值的RSD由20%-30%降到10%以内,极大地提高了连续实验的重复性和稳定性。