人参连作障碍是人参栽培史上至今无论在理论上还是在生产实践上都没有解决的老大难问题。长期以来，不同学者从不同角度进行了广泛的研究，但均没有说明为什么土壤微生物的变化是导致人参连作障碍的内因。为此，以长白山区的未开垦的森林土壤、林地栽培人参2年土壤和休闲2年的老参地土壤为供试材料，采用高通量测序方法，对其土壤微生物群落结构及其功能差异进行了初步研究，以期为人参连作障碍的理论和实践研究提供数据参考。研究共获得24门、54纲、107目，199科，297属和374种原核微生物。研究结果表明：1、森林土壤开发成人参栽培土壤后，改变了森林土壤的原核微生物物种组成，土壤微生物的Alpha多样性表现出增加的趋势。土壤开发成人参栽培土壤总计有18个土著种随着人参栽培年限的延长，其相对丰度不断降低至老参地时已经消亡；同时有19个外来种随着人参栽培年限的延长，其相对丰度不断升高至老参地时已经入侵定植；2、人参栽培改变了森林土壤原核微生物群落结构、能量代谢和物质代谢途径，群落能级表现为降低的趋势，物质代谢从碳水化合物代谢向脂类代谢和氨基酸代谢类型转变，进而改变了土壤的功能。讨论了土壤DNA的提取混合方法和如何理解土壤微生物群落结构和功能的新思路，提出了分别提取土壤样本DNA，然后混合DNA进行样本的混合的方法，以及研究土壤微生物的群落结构不仅要关注相对丰度较高的种群，同时也要兼顾相对丰度较低种群的动态的学术观点。