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目的
运用基因芯片技术和自组织映射(self-organizing map,SOM)聚类分析,在基因水平研究急慢性水杨酸钠注射后大鼠耳蜗电生理不同变化机制.
方法取急性、慢性水杨酸钠注射的大鼠和正常大鼠,断头处死,剥离耳蜗,在显微镜下去掉骨质外壳,将其内容物匀浆,抽提总RNA,纯化后的总RNA逆转录成cDNA,体外转录成cRNA杂交探针,探针先与测试芯片杂交,确定无问题后再与含有8800多个基因的寡核苷酸基因芯片杂交 ,得到3种情况的耳蜗基因表达谱,对有变化的基因进行SOM聚类分析,与不同电生理变化进行类比,最后利用标准基因词汇体系对类比结果中的基因进行电子注释.采用实时定量逆转录多聚酶链反应验证芯片结果.
结果样品探针质量佳,芯片实验结果可信,定量逆转录多聚酶链反应与基因芯片结果基本相符.聚类分析得到6类不同表达特性的基因,其中聚类3和4符合类比条件,基因词汇体系分析分别得到46和30个基因,涉及细胞信号传递、细胞活动、代谢、免疫反应和神经髓鞘形成等,可能与电生理变化有关.
结论运用基因芯片技术和SOM聚类分析研究水杨酸钠注射引起电生理变化相关基因,可能为电生理变化机制提供新的思路.