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在政府强化环境绩效考核的当下,科学考察中国区域生态经济投入效益时空演化规律,对于中国实现经济发展与环境保护双赢具有重要的现实意义。基于此,本文采用2003—2014年中国大陆30个省、市和自治区数据,考虑废水、化学需氧量、工业废气和工业烟（粉）尘等非期望产出,构建SBM-DEA超效率模型测算中国区域生态经济投入效益水平。并基于空间经济学的视角,对区域生态经济投入效益时空演化格局进行分析。结果显示：（1）区域生态经济投入效益呈现从东部沿海向西部内陆地区逐渐递减的地带性差异;（2）要素配置失衡导致资源投入效率