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五指山那雍枝铅锌矿位于川-滇-黔铅锌成矿域东侧，含矿层位为寒武系下统清虚洞组，矿体呈层状似层状产出，矿体的产出与分布受地层、岩性、构造控制明显。根据矿床矿体地质特征、矿石矿物特征、区域地质演化与成矿、地球化学特征、控矿因素等要素分析，成矿过程为印支-燕山期造山运动形成的断陷盆地及山间谷地、褶皱虚脱部位、断裂，在造山运动形成的热能活化地层中的 Pb、Zn 等元素，加之大气降水沿裂隙的渗入与地下水混合后形成相对对流，将活化的成矿物质运移到褶皱构造的虚脱部位及断裂破碎带内富集成矿。